Проверил, подтверждаю, именно так и происходит. Спасибо за баг репорт. На самом деле там две ошибки
1) То что комментарий окрашивается полупрозрачным - это исправили
2) То что через скрипт обновления приходят комментарии которые удалили - это пока не исправили, будем думать. Проблема появилась после того как начили писать фразу "комментарий удален" у родительского коммента, если у него есть не удаленный дочерний.